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　戸坂　玉悟は対戦大好きなビー玉戦士（ビーダー）。玉悟の住む町に、西部　丸馬という凄腕のビーダーが関西から引っ越してきた。両手撃ちでパワーショットを得意とする玉悟と片手撃ちで連射と狙い撃ちを得意とするの丸馬のバトルの結果は引き分け。

　自分と同等の腕を持つ丸馬の登場で、玉悟は毎日が楽しくてしかたがない。しかし丸馬のように連射することは両手撃ちの玉悟には難しく、なんとか理想のビーダマンをつくりたいと考えるようになった。その落書きのような設計図をもとに叔父の玉四がこっそり改造したものがスーパービーダマンだ。スーパービーダマンは頭部にビーダマをためておくことができ、トリガーのスプリングで二連射が可能。

　サラーはスーパービーダマンについて話していた玉悟と丸馬を道端で見かけ、自分の城でのバトルへと誘う。丸馬は警戒していたが、変な奴が大好きな玉悟は好奇心でいっぱいだ。サラーはカーブのかかったショットを撃ってきたが、ビーダマに重りを入れて重心をずらしていた。玉悟は丸馬に渡されたロングバレルによりバトルに勝利。小細工を丸馬に罵倒されたサラーは錯乱する。サラーはアラブの石油王の子息で、日本に留学中。成績優秀、スポーツ万能の彼だったが、金髪で美しい容姿をしていたためクラスメイトのいじめにあい、精神的に追い詰められていた。そんな中でビーダマンに出逢い、立ち直りつつあったのだが、自分に有利な状況でしかバトルをしたことがなかった。

　じい（セバスチャン）の要請により再びサラーとバトルする玉悟。今度は崖に作られた通路を下り、先にゴールしたほうが勝ちと言うもの。サラーはゴールデンビーダマンで小細工無しの本当のカーブボールやバックスピンを撃ってみせ、大量リードを奪う。直球しか撃てない玉悟は真上に向けてビーダマを撃ち、一緒に崖を滑り落ちる作戦に出る。ぼろぼろになりながらも全力で戦う玉悟。サラーには玉悟の気持ちがわからない。しかし雨でバックスピンがかからなくなったため、サラーは玉悟と同じ手段に出た。玉悟は傷だらけになりながらも足を使った締め打ちで勝利。本当の誇りをかけて戦ったサラーは負けを素直に受け止めることができるようになり、完全に立ち直った。

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　今日も楽しく友達とビーダマンバトルをしている玉悟だが、丸馬の姿が見えない。丸馬は最近付き合いが悪く、授業が終わるとすぐに帰ってしまうのだ。丸馬を誘いに家にゆく途中、玉悟は大男に出会う。彼も丸馬を探していた。丸馬は家に居たが、ドアを少し開けただけで玉悟の誘いを断ってしまう。しかし大男が無理矢理ドアを開け、丸馬にバトルを申し込んだ。彼は全国の強豪と戦うために旅をしている円　大作だった。しかし丸馬はこの申し出も断ってしまう。すると円は丸馬から不戦勝の戦利品にビーダマンを強奪して去る。追わない丸馬を訝りながらも玉悟は円を探し、ビーダマンを取り戻すためにバトルを申し込む。円はゴーレムボンバーを改造し、巨大なビーダマ（ジャイアントボム）を使うパワーシューターだった。中身の入ったペットボトルを倒すことには成功した玉悟だったが、放り投げられた数多くの空き缶を打ち落とすことを要求され窮地に陥る。玉悟のスーパービーダマンは二連射しか出来無いのだ。

　しかし空き缶は地上に落ちる前に、すべて打ち落とされた。丸馬が来たのだ。丸馬は新型のビーダマンを持っていた。脚からのビーダマ補給を可能にするクイックローダー。その機構には特殊な樹脂が必要で、気泡を取り除くために完成まで離れることが出来無かったのだ。そして円vs玉悟＆丸馬の対戦が始まった。

　川の対岸に釣り糸を張り、マトとして両端に置いた相手のビーダマンを先に落としたほうが勝ち。まず丸馬が立ち向かうが、クイックローダーに自信満々な丸馬は玉悟の話を聞かず、ジャイアントボムに驚く。しかし連射とパワーショットを撃つための新型パーツ、パワーウイングでなんとか勝利。だが、二回戦ではそのパワーに丸馬自身がついて行けず、マトにしていた玉悟のビーダマンにジャイアントボムが炸裂しそうになる。寸前で丸馬は自らビーダマンを落とし、玉悟のビーダマンを救った。円は戦いを放棄した丸馬を罵倒するが、丸馬には自分のミスで玉悟のビーダマンを傷つけることはできなかったのだ。丸馬は自分で自分を殴る。

　三回戦で玉悟は足を使った締め撃ちで戦おうとするが、足場が悪く不可能だった。丸馬は玉悟のビーダマンにメタルウイングを装着する。これはパワーウイングの失敗作で、あまりの締めの硬さに並の力では撃ちだすことが出来無いのだ。 玉悟は持前の馬鹿力でなんとか発射するが狙いは定まらず。しかし釣り糸を切り岩にあたった振動で魚が気絶するほどのパワーに円が警戒。翌日に再戦となった。

　このままでは負けが確定してしまうため、丸馬はサラーに協力を求め、サラーの城にて玉悟の特訓が開始された。ボーリングの球をジャイアントボムに見立て、撃ち返すのだ。夜通しの特訓で玉悟は人差し指を負傷、ボーリングの球を投げつづけた丸馬も極度の筋肉疲労を負う。丸馬は円が作為的に自分に不利なパワーバトルのみを仕掛けてきたことに気付き、自分の愚かさに錯乱しクイックローダーをボーリングの球で潰そうとする。その時奇跡は起こった。

　別室で玉悟たちのことをカードで占いながら待っていたサラーの元に丸馬が倒れ込んでくる。玉悟は気を失っていた。医務室に運ばれた二人は極度の過労と診断されたが、丸馬は起き上がった。状況説明を求められた丸馬は、玉悟のビーダマが爆発したと言う。クイックローダーは救われていた。玉悟は眠りに落ちたまま起きようとはしない。眠ったままの玉悟を背負い、丸馬は戦いの場所へと向かう。サラーの占いはスペードのエースを示していた。

　サラーの車で河原に着いたものの玉悟は今だ目覚めない。丸馬は覚悟を決めるが、玉悟が突然目を覚ました。一眠りしただけで体力が完全に回復した玉悟はけろっとしている。三回戦がスタートした。いつもは人差し指でホールドパーツを締めつけて撃っていたが、怪我のために無意識のうちに前に伸びた。怪我の功名、狙いが簡単に定まるようになり、サラーのカードが示したエースショットが完成した。特訓の成果によりメタルウイングを使いこなした玉悟に勝利は傾いてゆく。しかし追い詰められた円はヘビーボムを発射した。異様なまでの威圧感を伴うそれは、ビーダマではなく鉛の玉だったのだ。重さで釣り糸が広がり、玉悟のビーダマはヘビーボムにあたる前に落ちていく。だが鉛玉の使用は玉悟の逆鱗に触れた。発射強度が選べるメタルウイングを最強発射モードにした玉悟は、ヘビーボムをギリギリまで引きつけ、サラーの城で起こった奇跡を見せた。玉悟の撃ったマックスショットはビーダマを爆発させ、ヘビーボムをえぐったのだ。ヘビーボムは停止していた。円は引き分けというが、玉悟は許さず、えぐった穴にビーダマを撃ち込み撃ち返した。円はジャイアントボムで応戦したが止めることはできず、玉悟が勝利した。

　円の本当の目的は、ビーダマンの全国大会（全日本ビーダー選手権）のために有名ビーダーのデータを集めることだった。負けた円は丸馬にビーダマンを投げ返すが、距離が出ず川に落ちそうになる。丸馬は玉悟の投げたビーダマをボーリングのフォームで素早くクイックローダーに補給し、ビーダマンを救った。特訓の成果は丸馬にも現れていたのだ。わざと川に落としたのではと一瞬円を疑う丸馬だったが、その円はビーダマンを救おうと川に踏み出していた。

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　円によってもたらされたビーダー選手権の情報をパソコンで調べていた丸馬は、選手権では個人戦だけではなく団体戦も行われることを知る。広場に向かう道すがらそれを聞いた玉悟は丸馬を誘うが、丸馬は『戦いは一人でやるもの』派だったため、断った。

　広場では、ビーダー仲間たちがサッカー部の連中に追い出されていた。サッカー部は大会が迫っていたが、現在校庭は野球部が試合で使用中のため、練習場所を必要としていたのだ。しかし大会が迫っているのはビーダーも同じこと。つっかかる丸馬にキャプテンは、ビーダマンの大会は遊びの大会だと言う。その言葉に切れた丸馬はキャプテンの胸ぐらを掴みかかり、サッカー部vsビーダー、両者は険悪なムードになる。

　そこに、ビーダマンを持った双子のサッカー部員が登場。サッカー部のストライカー、黒羽兄弟だ。彼らはビーダマンバトルによる決着を申し入れてきた。問題のすり替えだと丸馬は怒るが、双子にドキドキの玉悟が１も２もなくあっさりとＯＫしてしまう。ルールは２対２のバトルサッカー。ゴムボールをビーダマンで撃ち、ゴールに先に入れたほうが勝利。玉悟は丸馬を誘うが、丸馬は前出の理由で断る。しかし、他のビーダー仲間は土管の向こうに特設観戦場所を設け、すっかり応援観戦モードになっていた。

　黒羽兄弟をビーダマンの素人と見た丸馬は、一発でゴールを決めようとするが、玉悟と相打ちになってしまう。ビーダマンによる壁パスなど、抜群のチームワークを見せる黒羽兄弟と、それに翻弄される玉悟と丸馬。黒羽兄弟は素人などで無かったのだ。玉悟は丸馬にゴール前で待っているように告げると、一人で黒羽兄弟を追いはじめた。真ん中を走りぬけ、正面からビーダマを奪う作戦だ。しかし、玉悟が振り向くより早く、黒羽兄弟は同時にビーダマを発射、ツインシュートを放ってしまう。しかし玉悟はあきらめず、オーバーヘッドでボールを止め 、そのまま丸馬へパスした。だが丸馬は、ゴールに向かったまま、玉悟に背を向けていた。安心する黒羽兄弟。

　しかし丸馬は、丸馬の目の前に落ちてきたボールを何事も無かったかのように撃ち、ゴールを決めた。丸馬は玉悟が自分の前にボールを出すと言ったから、信じて待っていただけだった。双子さえも驚く信頼関係が二人にはあった。このバトルにより、チームバトルの面白さが判った丸馬は、玉悟とともに団体戦に出ることを承諾した。

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